К этой церкви прилегает садово-парковый ансамбль с уцелевшей частью старинного дома и обелиском, посвященным знаменитым личностям из древнего рода бояр Колычевых, к которому принадлежал святитель Филипп, предстоятель Русской Православной Церкви в XVI веке.

Святитель Филипп всегда был одним из самых любимых святых в нашем отечестве, а его потомки Колычевы — свое имение и храм в Переделкино сделали местом особого почитания этого угодника Божьего.

Центром же старинной дворянской вотчины было село Лукино на реке Сетунь.

Первые сведения о храме относятся к 1646 году.
В конце XVII века в документах уже упоминались две деревянные церкви в селе Лукино: первая — во имя Преображения Господня, вторая — Иоанна Предтечи с приделом Воздвижения Креста Господня. В селе Лукино, как это обыкновенно бывало в большой вотчине, кроме владельческого дома с многочисленными дворовыми строениями и садом, находились конный и скотный дворы и другие хозяйственные постройки.

Деревня Переделка в то время принадлежала к сельцу Измалково, которое с 1707 года стало самостоятельной усадьбой по соседству с селом Лукино.

Приходской деревянный однопрестольный храм во имя Спаса Преображения имел приписную каменную церковь, возведенную в 1760-х годах в усадьбе при сельце Измалково, освященную во имя святителя Димитрия Ростовского.

В конце XVIII века село Лукино вошло в состав учрежденного по указу императрицы Екатерины II Звенигородского уезда Московской губернии.

Такой же участи подверглись соседние селения Измалково, Федосьино и Орлово. Здание Спасо-Преображенского храма не пострадало. Часть церковного имущества похитили вражеские мародеры, но самое ценное сохранилось, благодаря настоятелю церкви священнику Иоанну Яковлеву, который закопал его в землю.

Строительство новых церквей в звенигородских вотчинах — селах Лукино и Акулово относится ко времени после Отечественной войны. Храмозданную грамоту на возведение трехпрестольной каменной церкви в селе Лукино выдал в 1815 году управляющий Московской епархией епископ Дмитровский Августин (Виноградский).

В 1816 году были освящены приделы церкви во имя святых апостолов Петра и Павла и святой великомученицы Варвары.

В 1819 году викарий Московской епархии епископ Дмитровский Лаврентий (Бакшевский) по благословению Митрополита Московского и Коломенского Серафима (Глаголевского) освятил главный престол Спасо-Преображенского храма.

В архиве сохранилось описание храма, датированное 1821 годом. В нем говорится: «Церковь каменного здания, крыта железом и окрашена краской, глава на ней обита жестью с позлащенными звездами, при ней колокольня каменная. На колокольне 5 колоколов, церковь обнесена каменной оградой, трапеза от настоящей церкви отделена стеклянной аркой».

По своим архитектурным характеристикам Спасо-Преображенская церковь в Лукино, также, как и подмосковные храмы в селах Черкизово на Сходне, Болычево, Карачарово, Поречье, Покровское, Акулово относится к памятникам зрелого классицизма.

С его именем связан новый облик Переделкино и Спасо-Преображенской церкви.

В XIX веке по мужской линии род Колычевых пресекся, и мать М. Л. Боде — Н. Ф. Колычева была последней представительницей этого, одного из самых знаменитых и древних родов нашего Отечества. М. Л. Боде с Высочайшего позволения принял фамилию и герб Колычевых и стал именоваться бароном Боде-Колычевым. На средства семьи Боде были построены под Москвой в подольской усадьбе «Мещерское» каменная церковь в «русском стиле» во имя Покрова Пресвятой Богородицы, а также отдельная каменная часовня, со склепом, где покоились родители Михаила Львовича усопшие Л. К. Боде и Н. Ф. Боде, урожденная Колычева. Эти останки в 1867 году с разрешения митрополита Московского и Коломенского Филарета (Дроздова) были перенесены в село Лукино и поставлены во вновь построенной храме-крипте в честь свт. Филиппа, подле Спаса Преображенской церкви.

Строгий аскет и подвижник игумен Филипп стяжал не только огромный духовный авторитет, но и стал образцовым хозяином. При нем был возведен и освящен новый главный каменный собор в честь Преображения Господня, а также вместо деревянного Успенского собора, построен каменный. На островах и в поморских вотчинах этой знаменитой обители им были сделаны удивительные преобразования. В суровом северном крае на каменистой почве острова при игумене Филиппе стали выращивать невиданные до того времени овощи и садовые деревья. Он устроил сеть каналов между многочисленными озерами острова, поставил на них мельницы, а также построил множество новых сооружений, а старые значительно усовершенствовал.

Постепенно деятельность Соловецкого игумена приобрела всеобщую известность, и в июле 1566 г. царь Иоанн Грозный вместе с освященным собором стал «понуждать» Филиппа принять митрополичий сан. Игумен согласился стать предстоятелем Русской Православной Церкви лишь при условии сохранения за собой права протеста против всех безнравственных и противоречащих христианским законам явлений, таких как массовые расправы опричников.

Первый год святительства Филиппа прошел вполне благоприятно. Царь успокоился, и неистовства опричников прекратились, но уже в 1567 г. возобновились казни невинных людей: столица была залита кровью. Зверства опричников и жестокость самодержца терроризировали всю Москву. Свои ходатайства за опальных святитель начал с бесед наедине с Иоанном IV, но их встреча не принесла результата.

Тогда митрополит решился на всенародное обличение царя. 22 марта 1568 г. в Успенском соборе Кремля Филипп обратился к Иоанну Грозному с речью, в которой напомнил ему о долге христианина, об ответственности перед судом Божьим за кровопролитие и беззакония. В другой раз, когда царь пришел на богослужение в Успенский собор, митрополит отказался его благословить и снова стал обличать государя. Эти поступки вызвали ярость грозного самодержца, и он решил избавиться от святителя. 8 ноября 1568 г., во время литургии в Успенский собор явились опричники, сняли с митрополита Филиппа архиерейское облачение и одели его в простую монашескую одежду.

Святой был сослан в Тверской Отрочь монастырь, а спустя год нечестивый царь приказал его убить. Он послал опричника Малюту Скуратова, и тот задушил святителя во время молитвы. В 1591 году мощи мученика Филиппа перевезли из монастыря Отроча на Соловки, а в 1652 году, во время царствования Алексея Михайловича, они были торжественно перенесены в Москву и положены в Успенском соборе Кремля.

В память об этом знаменательном событии барон М. Л. Боде-Колычев в своей усадьбе Лукино соорудил часовню из больших булыжных камней, специально доставленных из Соловков, и установил в ней памятный крест, точную копию того креста, который стоял на месте встречи мощей святого на Крестовой Заставе царем Алексеем Михайловичем. Часовня была расписана сюжетами из жития святителя Филиппа, и в ней находилась копия любимой иконы святого — Запечной Божьей Матери и камень из соловецкой могилы митрополита.

В течение многих лет Михаил Львович тщательно собирал архивные источники, материальные предметы, реликвии по истории рода бояр Колычевых, которые впоследствии вошли в уникальный родовой музей-архивохранилище, здание которого было построено специально в дворцово-мемориальном ансамбле.

В 1869 году к имению М. Л. Боде-Колычева, ставшего госмейстером императорского дворца, провели новую экипажную дорогу. С возведением новых усадебных построек в 1860–1870 годах возникла необходимость в переустройстве Спасской церкви. Особое почитание Святителя Филиппа митрополита Московского выразилось в устройстве северного придела, проект которого датируется 1883 годом. Другой придел, устроенный одновременно с Филипповским, освятили во имя Николая Чудотворца. Таким образом, Спасо-Преображенский храм стал пятипрестольным (по данным «Метрики» 1887 г.). Филипповский придел с галереей-папертью увенчался трехглавием.

В 80-е годы XIX века к храму были пристроены два крыльца в стиле русской архитектуры XVII века, устроены новые и переделаны старые главы на церкви и приделах, две из которых получили витые формы глав собора Покрова на Рву (Василия Блаженного). Изменилась и форма купола высокой четырехярусной колокольни. На южной стороне церкви была построена часовня, с почитаемой Иверской иконой Божией Матери. Фасады храма богато украсились кирпичными, белокаменными и керамическими (изразцовыми) деталями. Особенно интересны хорошо сохранившиеся до наших дней изразцы с рельефными изображениями креста и птиц. Снаружи в киотах помещались живописные изображения святых угодников, а стены и своды внутри храма заново расписаны.

Центральный иконостас был сделан из дуба, и стал пятиярусным. Его украсили иконы старого письма и древние расписанные еще в XVII веке царские врата с великолепными иконами. Нельзя не отметить роли, которую сыграл в создании церковного ансамбля в усадьбе Колычевых известный художник-археолог, признанный знаток древней Руси, один из основателей национального направления в русском искусстве Ф. Г. Солнцев.

Главный деревянный двухэтажный усадебный дом Боде-Колычевых соединялся особой каменной двухэтажной галереей с домовым храмом святителя Филиппа, построенным в 80-е годы над склепом-усыпальницей рода Боде-Колычевых, а из Филипповской церкви к приходской Спасо-Преображенской вела деревянная галерея.

М. Л. Боде-Колычев скончался в Москве в марте 1888 года, и был похоронен в фамильной усыпальнице. Имение перешло во владение его жене баронессе Александре Ивановне Боде-Колычевой, урожденной Чертковой, а затем их дочери графине Наталье Михайловне Соллогуб, урожденной Боде-Колычевой.